Molecule-MCP

基本能力

产品定位

Molecule-MCP 是一个专为分子科学设计的工具服务器，通过 MCP 协议将分子建模工具与 Claude AI 集成，实现 AI 辅助的分子建模和科学研究。

核心功能

1. 工具集成：支持多种分子科学工具（如 PyMOL、ChimeraX、GROMACS Copilot）的集成。
2. AI 交互：允许 Claude AI 直接控制和交互这些工具，实现提示辅助的分子建模。
3. 协议支持：基于 Model Context Protocol (MCP) 实现工具与 AI 的无缝连接。

适用场景

1. 分子建模：用于分子结构的可视化和分析。
2. 科学研究：辅助科学研究中的分子动力学模拟和数据分析。
3. 教育：用于分子科学的教学和演示。

工具列表

1. PyMOL：用于分子结构的可视化和分析。
2. ChimeraX：高级分子可视化工具。
3. GROMACS Copilot：用于分子动力学模拟的工具。

常见问题解答

1. 依赖问题：确保已安装 Claude Desktop 并正确配置。
2. 免责声明：该工具仅供研究和教育使用，用户需自行承担使用风险。

使用教程

使用依赖

1. 确保已安装 Claude Desktop 并运行。
2. 在 Claude 的设置中配置 claude_desktop_config.json 文件，添加 MCP 服务器配置。

安装教程

1. 安装 mcp 和 chatmol：

pip install mcp chatmol

1. 可选安装 GROMACS Copilot：

pip install git+https://github.com/ChatMol/gromacs_copilot.git

1. 获取 mcp 路径：

which mcp

1. 克隆 molecule-mcp 仓库：

git clone https://github.com/ChatMol/molecule-mcp.git
cd molecule-mcp
pwd

调试方式

1. 确保 claude_desktop_config.json 中的路径配置正确。
2. 检查 mcp 和 molecule-mcp 的路径是否正确替换。

许可证

该项目遵循 MIT 开源许可条款，请参阅 MIT 了解完整条款。