Bio-OS MCP Server

基本能力

产品定位

Bio-OS MCP Server 是一个专为生物信息学工作流管理和 Docker 镜像构建设计的工具服务器，旨在提高开发效率和简化工作流管理。

核心功能

1. 工作流管理
2. 提交和监控工作流
3. 上传 WDL 工作流
4. 验证 WDL 脚本

5. 生成输入文件模板

6. Docker 镜像管理

7. 构建 Docker 镜像
8. 检查构建状态
9. 监控构建进度
10. 检索构建日志

适用场景

• 生物信息学工作流开发
• Docker 镜像构建和管理
• 自动化工作流提交和监控

工具列表

1. submit_workflow：提交 Bio-OS 工作流
2. import_workflow：上传 WDL 工作流到 Bio-OS 系统
3. validate_wdl：验证 WDL 工作流脚本
4. generate_inputs：生成 WDL 输入文件模板
5. build_docker_image：构建 Docker 镜像
6. check_build_status：检查 Docker 镜像构建状态

常见问题解答

• 提示功能目前不支持在 CLINE 环境中使用，仅在使用 MCP 服务器直接或通过 Claude Desktop 时可用。

使用教程

使用依赖

1. 安装 uv (Python 包管理器):

pip install uv

1. 安装 Cromwell (工作流执行引擎):

brew install cromwell

安装教程

克隆 Bio-OS MCP Server 仓库:

git clone https://github.com/GBA-BI/bioos-mcp-server.git

配置

在 CLINE 的 MCP 设置中配置 Bio-OS MCP Server 脚本路径:

{
  "mcpServers": {
    "bioos": {
      "command": "path/to/uv",
      "args": [
        "--directory",
        "path/to/bioos-mcp-server",
        "run",
        "path/to/bioos-mcp-server/src/bioos_mcp/bioos_mcp_server.py"
      ],
      "env": {
        "PYTHONPATH": "path/to/bioos-mcp-server/src"
      }
    }
  }
}

调试方式

1. 确保 CLINE 扩展已安装并配置正确。
2. 检查 MCP 服务器连接状态，如果连接不稳定，点击 "Retry Connection"。
3. 复制 bioos-mcp-prompt.md 内容到 CLINE 的自定义指令中以获得最佳体验。

许可证

该项目遵循 MIT 开源许可条款，请参阅 MIT 了解完整条款。