PubChem MCP Server

基本能力

产品定位

PubChem MCP Server 是一个为 AI 助手提供化学化合物信息搜索和访问的中间件服务。

核心功能

• 化合物搜索：通过名称、SMILES 或 CID 查询 PubChem 化合物
• 化学结构：访问分子结构和标识符
• 属性数据：检索详细的化学和物理属性
• 高级搜索：结合多个参数进行精确查询
• 分子可视化：生成和显示分子结构
• 属性分析：比较多个化合物的属性
• 本地存储：保存常用化合物以加快访问速度
• 化学提示：专门用于化学分析的提示

适用场景

• AI 助手需要查询化学化合物信息
• 研究人员需要快速获取化合物详细属性
• 教育场景中展示化学分子结构
• 化学数据分析和研究

工具列表

1. search_pubchem_by_name：通过化合物名称搜索
2. search_pubchem_by_smiles：通过 SMILES 字符串搜索
3. get_pubchem_compound_by_cid：通过 CID 获取化合物详细信息
4. search_pubchem_advanced：高级搜索（可组合多个参数）

常见问题

• 需要 Python 3.10+ 环境
• 需要安装 FastMCP、pubchempy 和 pandas 等依赖
• 使用时需遵守 PubChem 的服务条款

使用教程

使用依赖

pip install mcp pubchempy pandas

安装教程

通过 Smithery 安装

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubchem-mcp-server --client claude --config "{}"

手动安装

uv tool install pubchem-mcp-server

开发环境设置

git clone https://github.com/JackKuo666/PubChem-MCP-Server.git
cd PubChem-MCP-Server
uv venv
source .venv/bin/activate
uv pip install -r requirements.txt

调试方式

启动服务器：

python pubchem_server.py

使用示例：

# 通过名称搜索
result = await mcp.use_tool("search_pubchem_by_name", {
    "name": "aspirin",
    "max_results": 3
})

# 通过 CID 获取详细信息
result = await mcp.use_tool("get_pubchem_compound_by_cid", {
    "cid": 2244
})

许可证

该项目遵循 MIT 开源许可条款。