bioRxiv MCP Server
2025.03.23
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Python研究支持论文搜索元数据访问内容生成开发效率
bioRxiv MCP Server 是一个通过 Model Context Protocol (MCP) 为 AI 助手提供访问 bioRxiv 预印本库的桥梁服务。它允许 AI 模型以编程方式搜索生物学预印本并获取其元数据，支持生物学研究和分析。
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Overview
基本能力
产品定位
bioRxiv MCP Server 是一个为 AI 助手提供 bioRxiv 预印本搜索和访问服务的中间件，旨在促进生物学研究的自动化和高效化。
核心功能
- 论文搜索：支持通过关键词或高级搜索查询 bioRxiv 论文。
- 高效检索：快速获取论文元数据。
- 元数据访问：获取特定论文的详细元数据。
- 研究支持：支持生物学研究和分析。
- 论文访问：下载和阅读论文内容。
- 论文列表：查看所有已下载的论文。
- 本地存储：论文本地存储以加快访问速度。
- 研究提示：提供一组专门用于论文分析的提示。
适用场景
- AI 助手需要访问 bioRxiv 预印本库进行生物学研究。
- 研究人员需要快速获取和整理 bioRxiv 论文的元数据。
- 自动化工具需要集成 bioRxiv 论文搜索功能。
工具列表
search_biorxiv_key_words：使用关键词搜索 bioRxiv 文章。search_biorxiv_advanced：使用多个参数进行高级搜索。get_biorxiv_metadata：通过 DOI 获取 bioRxiv 文章的元数据。
常见问题解答
- 使用限制：该工具仅用于研究目的，需遵守 bioRxiv 的服务条款。
- 依赖问题：确保安装 Python 3.10+ 和 FastMCP 库。
使用教程
使用依赖
- Python 3.10+
- FastMCP 库
安装教程
-
克隆仓库：
bash git clone https://github.com/JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server.git cd bioRxiv-MCP-Server -
安装依赖：
bash pip install -r requirements.txt
通过 Smithery 安装
Claude
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client claude --config "{}"
Cursor
在 Settings → Cursor Settings → MCP → Add new server 中粘贴以下内容：
npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cursor --config "{}"
Windsurf
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client windsurf --config "{}"
CLine
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cline --config "{}"
调试方式
启动 MCP 服务器：
python biorxiv_server.py
使用示例：
- 搜索论文：
Can you search bioRxiv for recent papers about genomics?
- 获取论文详情：
Can you show me the metadata for the paper with DOI 10.1101/123456?