BioMCP: Enabling agent-based biomedical R&D

基本能力

产品定位

BioMCP 是一个专为生物医学研究和药物开发设计的 MCP 服务器，通过增强大型语言模型在蛋白质结构分析方面的能力，提供专业的蛋白质结构知识。

核心功能

• 活性位点分析：使用 PDB ID 检查蛋白质的结合位点和功能残基。
• 疾病蛋白质搜索：查找与特定疾病或医疗条件相关的蛋白质结构。
• 集成数据访问：无缝连接 RCSB 蛋白质数据库（PDB）。

适用场景

• 生物医学研究
• 药物开发
• 蛋白质结构分析

工具列表

1. analyze-active-site：使用 PDB ID 提供蛋白质结合位点的详细信息。
2. search-disease-proteins：返回与指定疾病或医疗条件相关的蛋白质。

常见问题解答

• 如何安装 BioMCP？
• 可以通过 Smithery 自动安装或手动克隆仓库安装。
• 如何测试 BioMCP？
• 运行 npm test 进行所有测试，或运行特定测试套件如 npm run test:unit。

使用教程

使用依赖

• Node.js 20.0.0 或更高版本
• TypeScript 5.0+
• 兼容的 MCP 客户端实现

安装教程

通过 Smithery 安装

npx -y @smithery/cli install @acashmoney/bio-mcp --client claude

手动安装

git clone https://github.com/acashmoney/bio-mcp.git
npm install
npm start

调试方式

1. 启动 BioMCP 服务器： bash npm start
2. 安装 MCP Inspector： bash npm install -g @anthropic-ai/mcp-inspector
3. 启动 MCP Inspector 并连接到本地 BioMCP 服务器： bash npx @modelcontextprotocol/inspector node build/index.js
4. 使用检查器界面测试工具和查看响应。

与 Claude Desktop 一起使用

1. 构建 BioMCP 服务器： bash npm run build
2. 配置 Claude Desktop 以启动 MCP 服务器：
3. 编辑 config.json 文件以包含 BioMCP 服务器构建路径。
4. 重启 Claude Desktop 以使更改生效。
5. 现在可以向 Claude 提问，利用 BioMCP 工具：
6. "What are the key residues in the active site of PDB structure 6LU7?"
7. "Find proteins related to Alzheimer's disease"

许可证

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