MCP Server × PostgreSQL on MIMIC‑IV

基本能力

产品定位

mimic-mcp-server 是一个用于大规模临床数据分析的中间件，旨在通过 MCP 协议简化开发流程并提升查询效率。

核心功能

1. 提供基于 MCP 协议的抽象层，简化对 PostgreSQL 数据库的访问。
2. 支持大规模临床数据集（如 MIMIC-IV）的高效查询。
3. 提供性能基准测试工具，比较直接 SQL 和 MCP 查询的性能差异。
4. 支持 Microsoft Entra 认证。
5. 提供数据加载和基准测试脚本。

适用场景

1. 大规模临床数据分析。
2. 需要简化 SQL 开发流程的场景。
3. 性能敏感的数据分析应用。

工具列表

1. psycopg[binary]：PostgreSQL 数据库连接库。
2. pytest 和 pytest-benchmark：性能基准测试工具。
3. mcp[cli]：MCP 协议命令行工具。
4. azure-identity 和 azure-mgmt-postgresqlflexibleservers：Azure PostgreSQL 管理工具。

常见问题解答

1. 如何设置环境变量？ 环境变量（PGHOST, PGUSER, PGPASSWORD, PGDATABASE）必须设置或在配置文件中提供。
2. 如何使用 Microsoft Entra 认证？ 设置 AZURE_USE_AAD=True 并提供相应的 Azure 订阅 ID 和资源组。

使用教程

使用依赖

1. Python 3.10+
2. Node 18+（可选）
3. Azure Database for PostgreSQL – Flexible Server（Standard_D4s v5 或更高）
4. MIMIC-IV 凭证和数据下载权限

安装依赖命令：

# core libs
pip install psycopg[binary] rich click pandas matplotlib
# benchmarking
pip install httpx pytest pytest-benchmark
# MCP server
pip install mcp[cli] azure-identity azure-mgmt-postgresqlflexibleservers

安装教程

1. 克隆仓库并进入项目目录。
2. 安装依赖（如上所述）。
3. 设置环境变量或配置文件。

启动 MCP 服务器：

cd mcp-server
python azure_postgresql_mcp.py

调试方式

1. 运行直接 SQL 基准测试：

python benchmarks/run_sql.py --query count_emar_detail

1. 运行 MCP 服务器基准测试：

python benchmarks/run_mcp.py --query count_emar_detail

1. 生成图表：

jupyter lab notebooks/03_make_plots.ipynb

许可证

该项目遵循 MIT 开源许可条款，请参阅 MIT 了解完整条款。