MCP Simple PubMed
2025.01.30
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Python学术检索文献管理内容生成
mcp-simple-pubmed 是一个通过 Entrez API 提供 PubMed 文章访问的 MCP 服务器。它允许用户搜索 PubMed 数据库、访问文章摘要，并在可用时下载全文（针对 PubMed 上直接提供的开放获取文章）。该工具返回的是 XML 格式的全文，这对于 AI 处理更为有用，因为它提供了文档结构的额外信息。
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Overview
基本能力
产品定位
mcp-simple-pubmed 是一个专门用于访问和检索 PubMed 学术文章的 MCP 服务器。
核心功能
- 使用关键词搜索 PubMed 数据库
- 访问文章摘要
- 下载全文（针对开放获取文章）
- 返回 XML 格式的全文，便于 AI 处理
适用场景
- 学术研究：快速检索和获取相关领域的学术论文
- AI 辅助研究：为 AI 提供结构化的学术论文数据
- 文献综述：帮助研究人员快速了解特定领域的研究现状
工具列表
- PubMed 搜索工具：通过关键词搜索 PubMed 数据库
- 摘要获取工具：获取文章的摘要信息
- 全文下载工具：下载开放获取文章的全文（XML 格式）
常见问题解答
- 为什么无法获取某些文章的全文？
- 可能是因为文章不是开放获取的，或者需要图书馆访问权限。
-
有时即使文章在 PubMed 上显示不可用，通过浏览器直接访问可能仍然可行。
-
如何处理速率限制？
- 默认速率限制为 3 次请求/秒。
-
可以通过注册 NCBI API 密钥将限制提高到 10 次请求/秒。
-
为什么返回 XML 格式的全文？
- XML 格式提供了文档结构的额外信息，对 AI 处理更为有用。
使用教程
使用依赖
- Python 环境
- NCBI 账户（用于设置 PUBMED_EMAIL 和可选的 PUBMED_API_KEY）
安装教程
通过 Smithery 安装
npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude
手动安装
pip install mcp-simple-pubmed
配置
需要设置以下环境变量：
- PUBMED_EMAIL: 您的电子邮件地址（NCBI 要求）
- PUBMED_API_KEY: 可选的 API 密钥，用于提高速率限制
调试方式
- 确保环境变量已正确设置
- 运行以下命令测试服务器是否正常工作：
python -m mcp_simple_pubmed
- 检查 Claude Desktop 配置是否正确（参考 README 中的配置示例）