PubMed MCP Server
2025.04.05
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Python文献检索医学研究搜索工具
PubMed MCP Server 是一个基于 FastMCP 框架的 MCP 服务器，用于通过 BioPython 的 Entrez 模块搜索 PubMed 的文章摘要。它提供异步搜索能力，适用于需要从 PubMed 获取文章摘要的场景。
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Overview
基本能力
产品定位
PubMed MCP Server 是一个专门用于搜索和获取 PubMed 文章摘要的工具，适用于医学研究、文献检索等场景。
核心功能
- 搜索 PubMed：根据搜索词查询 PubMed 文章。
- 获取摘要：从 PubMed 返回的文章中提取摘要。
- 异步操作：使用异步执行（通过
asyncio.to_thread）避免阻塞服务器。
适用场景
- 医学研究人员需要快速获取特定主题的 PubMed 文章摘要。
- 文献检索工具需要集成 PubMed 搜索功能。
工具列表
- search_pubmed：用于搜索 PubMed 文章并返回摘要。
- 参数：
query：搜索词（默认为 "endocarditis"）。max_results：最大返回文章数（默认为 10）。
常见问题解答
- 如何设置 Entrez 邮箱？
在
main.py中设置Entrez.email = "[email protected]"。 - 如何配置 MCP 客户端？
更新
config.json文件，指定uv的路径和服务器目录。
使用教程
使用依赖
- Python 3.8 或更高版本
- mcp[cli]
- BioPython
安装依赖命令：
uv add -r requirements.txt
安装教程
- 克隆仓库：
git clone PubMed-MCP-Server.git
cd PubMed-MCP-Server
- 安装依赖：
uv add -r requirements.txt
- 设置 Entrez 邮箱：
在
main.py中设置Entrez.email = "[email protected]"。
调试方式
启动服务器：
uv run main.py
使用 search_pubmed 工具测试：
search_pubmed(query="endocarditis", max_results=10)