Bio-Agents MCP

Bio-Agents MCP

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2025.03.24 3
Python生物数据交互自然语言接口其它
Bio-Agents MCP 是一个用于与生物数据库进行自然语言交互的微服务和客户端集合。它提供了与蛋白质数据银行(PDB)和化学数据库(ChEMBL)等生物数据源的交互能力,支持通过自然语言查询和获取生物数据。
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Overview

基本能力

产品定位

Bio-Agents MCP 是一个专注于生物数据交互的工具集合,旨在通过自然语言接口简化生物数据库的查询和使用。

核心功能

  1. LLM Client: 提供自然语言交互界面,支持Web UI和终端模式。
  2. PDB MCP Server: 与蛋白质数据银行(PDB)API交互,获取结构组装描述、化学组件、药物库注释等。
  3. ChEMBL MCP Server: 与化学数据库(ChEMBL)API交互,获取化学数据。

适用场景

  1. 生物信息学研究:快速查询和获取蛋白质结构、化学组件等生物数据。
  2. 药物开发:通过自然语言接口获取药物库注释和化学数据。
  3. 教育工具:用于教学和演示生物数据库的查询和使用。

工具列表

  1. LLM Client: 提供自然语言交互界面,支持异步操作。
  2. PDB MCP Server: 提供与PDB API的交互能力,支持多种数据查询。
  3. ChEMBL MCP Server: 提供与ChEMBL API的交互能力,支持化学数据查询。

常见问题解答

  1. 如何启动服务?
  2. 使用 make buildmake up 命令启动服务。
  3. 如何访问Web界面?
  4. 使用 make run-chainlit 命令启动Web界面,访问 http://localhost:8000
  5. 如何停止服务?
  6. 使用 docker-compose down 命令停止所有服务。

使用教程

使用依赖

  1. 确保已安装Docker和Docker Compose。
  2. 配置环境变量: bash cp .env.example .env

安装教程

  1. 构建Docker镜像并启动服务: bash make build make up
  2. 启动Web界面: bash make run-chainlit

调试方式

  1. 查看服务日志: bash docker-compose logs
  2. 重启服务: bash make restart

许可证

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