
Bio-Agents MCP

2025.03.24
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Python生物数据交互自然语言接口其它
Bio-Agents MCP 是一个用于与生物数据库进行自然语言交互的微服务和客户端集合。它提供了与蛋白质数据银行(PDB)和化学数据库(ChEMBL)等生物数据源的交互能力,支持通过自然语言查询和获取生物数据。
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Overview
基本能力
产品定位
Bio-Agents MCP 是一个专注于生物数据交互的工具集合,旨在通过自然语言接口简化生物数据库的查询和使用。
核心功能
- LLM Client: 提供自然语言交互界面,支持Web UI和终端模式。
- PDB MCP Server: 与蛋白质数据银行(PDB)API交互,获取结构组装描述、化学组件、药物库注释等。
- ChEMBL MCP Server: 与化学数据库(ChEMBL)API交互,获取化学数据。
适用场景
- 生物信息学研究:快速查询和获取蛋白质结构、化学组件等生物数据。
- 药物开发:通过自然语言接口获取药物库注释和化学数据。
- 教育工具:用于教学和演示生物数据库的查询和使用。
工具列表
- LLM Client: 提供自然语言交互界面,支持异步操作。
- PDB MCP Server: 提供与PDB API的交互能力,支持多种数据查询。
- ChEMBL MCP Server: 提供与ChEMBL API的交互能力,支持化学数据查询。
常见问题解答
- 如何启动服务?
- 使用
make build
和make up
命令启动服务。 - 如何访问Web界面?
- 使用
make run-chainlit
命令启动Web界面,访问http://localhost:8000
。 - 如何停止服务?
- 使用
docker-compose down
命令停止所有服务。
使用教程
使用依赖
- 确保已安装Docker和Docker Compose。
- 配置环境变量:
bash cp .env.example .env
安装教程
- 构建Docker镜像并启动服务:
bash make build make up
- 启动Web界面:
bash make run-chainlit
调试方式
- 查看服务日志:
bash docker-compose logs
- 重启服务:
bash make restart
许可证
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