BioMCP: Biomedical Model Context Protocol
2025.04.15
55
Python生物医学研究临床试验匹配基因组变异分析精准医疗开发效率内容生成
BioMCP（Biomedical Model Context Protocol）是一个开源的生物医学研究AI助手和代理工具包，遵循模型上下文协议（MCP）构建。它支持搜索和检索临床试验、PubMed文章以及基因组变异。BioMCP提供了丰富的工具集，包括PubTator3（PubMed/PMC）、ClinicalTrials.gov和MyVariant.info等，适用于生物医学研究、临床试验匹配和基因组变异分析等场景。
View on GitHub
Overview
基本能力
产品定位
BioMCP是一个为生物医学研究AI助手和代理设计的工具包，旨在提供便捷的生物医学数据搜索和检索功能。
核心功能
- PubMed/PMC文章搜索：通过PubTator3工具支持文章搜索和全文获取。
- 临床试验搜索：通过ClinicalTrials.gov工具支持高级搜索、协议、结果、位置和参考信息获取。
- 基因组变异搜索：通过MyVariant.info工具支持变异搜索和注释（如CIViC、ClinVar、COSMIC、dbSNP等）。
适用场景
- 生物医学研究
- 临床试验匹配
- 基因组变异分析
- 精准医疗
工具列表
- PubTator3 (PubMed/PMC)
- Article Search
- Full Text
- ClinicalTrials.gov
- Clinical Trial Advanced Search
- Protocols
- Outcomes
- Locations
- Reference
- MyVariant.info
- Variant Search
- Annotations (CIViC, ClinVar, COSMIC, dbSNP, etc.)
常见问题解答
- 数据来源：BioMCP集成了多个权威生物医学数据库，如PubMed、ClinicalTrials.gov和MyVariant.info。
- 使用限制：用户需遵守各数据源的条款和服务，特别是商业应用。
- 数据更新：检索到的信息可能不是最新的，因为数据源更新频率不同。
使用教程
使用依赖
- 确保已安装Python或Node.js环境。
安装教程
快速安装（Claude Desktop用户）
npx -y @smithery/cli install @genomoncology/biomcp --client claude
Python/CLI用户
pip install biomcp-python
或
uv pip install biomcp-python
直接运行命令
uvx --from biomcp-python biomcp trial search --condition "lung cancer" --intervention "pembro"
调试方式
验证安装
npx @modelcontextprotocol/inspector uv run biomcp run
命令行接口示例
# 获取帮助
biomcp --help
# 运行MCP服务器
biomcp run
# 搜索文章
biomcp article search --gene BRAF --disease Melanoma
# 获取文章详情
biomcp article get 21717063 --full
# 搜索临床试验
biomcp trial search --condition "Lung Cancer" --phase Phase_3
# 获取试验详情
biomcp trial get NCT04280705 Protocol
# 搜索变异
biomcp variant search --gene BRAF --significance Pathogenic
# 获取变异详情
biomcp variant get rs113488022