Scanpy MCP server
2025.04.14
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Python单细胞RNA测序分析自然语言交互开发效率
Scanpy MCP server 是一个为单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析软件Scanpy设计的MCP服务器，支持通过自然语言进行交互。它提供了从数据读取、预处理到分析和可视化的全流程功能，适用于需要高效处理scRNA-Seq数据的用户和开发者。
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Overview
基本能力
产品定位
Scanpy MCP server 是一个专为scRNA-Seq分析设计的MCP服务器，通过自然语言交互简化分析流程。
核心功能
- IO模块：支持通过自然语言读取和写入scRNA-Seq数据。
- 预处理模块：包括数据过滤、质量控制、标准化、缩放、高变基因筛选、PCA分析、邻居计算等。
- 工具模块：提供聚类、差异表达分析等功能。
- 绘图模块：支持小提琴图、热图、点图等可视化工具。
适用场景
- 需要进行scRNA-Seq分析的研究人员或开发者。
- 希望将Scanpy功能集成到AI客户端、插件或代理框架中的开发者。
工具列表
- scmcp：命令行工具，用于启动和管理Scanpy MCP服务器。
常见问题解答
- 如何安装？通过
pip install scanpy-mcp安装。 - 如何测试？运行
scmcp run进行测试。 - 如何远程运行？使用
scmcp run --transport sse --port 8000启动远程服务器。
使用教程
使用依赖
- Python环境
- pip包管理工具
安装教程
pip install scanpy-mcp
调试方式
scmcp run
远程运行配置
scmcp run --transport sse --port 8000
然后在MCP客户端配置http://localhost:8000/sse。