Biomart MCP
2025.04.09
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Python生物数据库数据查询ID转换数据库开发效率
Biomart-MCP 是一个基于 Model Context Protocol (MCP) 的服务器，用于与 Biomart 数据库进行交互。它通过 MCP python-sdk 和 pybiomart 包实现，提供了一系列工具来探索和查询 Biomart 数据库。
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Overview
基本能力
产品定位
Biomart-MCP 是一个用于与 Biomart 数据库交互的 MCP 服务器，旨在通过标准化协议为 LLMs 提供生物信息学数据访问能力。
核心功能
- Mart 和 Dataset 发现：列出可用的 marts 和 datasets，探索 Biomart 数据库结构
- 属性和过滤器探索：查看特定 dataset 的常见或所有可用属性和过滤器
- 数据检索：使用特定属性和过滤器查询 Biomart 获取生物数据
- ID 转换：在不同生物标识符之间转换（如基因符号与 Ensembl IDs）
适用场景
- 生物信息学研究
- 基因数据分析
- 生物标识符转换
- 生物数据库探索
工具列表
- Mart 和 Dataset 发现工具
- 属性和过滤器探索工具
- 数据检索工具
- ID 转换工具
常见问题解答
- 使用
@lru_cache缓存计算密集型或外部 API 调用的结果 - 注意不要超出模型的上下文窗口限制
- 返回 CSV 格式比字符串格式更节省 token
使用教程
使用依赖
需要安装 Python 和 uv 工具
安装教程
git clone https://github.com/jzinno/biomart-mcp.git
cd biomart-mcp
# 创建虚拟环境
uv venv
# MacOS/Linux
source .venv/bin/activate
# Windows
.venv\Scripts\activate
uv sync # 或 uv add mcp[cli] pybiomart
调试方式
# 开发模式下运行服务器
mcp dev biomart-mcp.py