MCP SERVER LIMS
2025.04.15
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Python实验室信息管理自动化工作流程其它
mcp-server-lims 是一个基于 MCP（Model Context Protocol）的实验室信息管理系统（LIMS）示例项目。该项目展示了如何通过 AI 代理（如 Anthropic 的 Claude）调用 MCP 数据库和模拟仪器工具来执行实验室工作流程的各个步骤。核心功能包括样本的登记（accessioning）、准备（preparation）、分析（analysis）和报告生成（report generation）。该项目适用于实验室数据管理和自动化工作流程的场景。
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Overview
基本能力
产品定位
mcp-server-lims 是一个实验室信息管理系统（LIMS）的示例项目，旨在通过 AI 代理管理实验室工作流程中的数据。
核心功能
- 样本登记（accessioning）：将初始样本数据录入数据库。
- 样本准备（preparation）：调用工具处理输入样本，附加遗传标签并记录状态（通过或失败）。
- 样本分析（analysis）：调用工具分析通过准备步骤的样本。
- 报告生成（report generation）：汇总并展示样本数据的工作流程报告。
适用场景
- 实验室数据管理
- 自动化工作流程
- AI 代理与实验室仪器的集成
工具列表
- preparation_tool：用于处理输入样本，附加遗传标签并记录状态。
- analysis_tool：用于分析通过准备步骤的样本。
- mcp-server-sqlite：提供数据库支持，用于保存中间结果和最终报告。
常见问题解答
- 如何运行项目？：需要安装
uv并配置 Claude Desktop 或 Oterm。 - 如何配置工具？：通过编辑配置文件（如
claude_desktop_config.json或config.json）指定工具路径和参数。 - 如何处理复杂数据？：AI 代理可以使用 SQL 数据库管理中间结果，或直接在对话中处理数据。
使用教程
使用依赖
- 确保已安装
uv。
安装教程
- 克隆仓库：
bash git clone https://github.com/sheffler/mcp-server-lims cd mcp-server-lims - 初始化并创建虚拟环境：
bash uv init uv venv . .venv/bin/activate - 同步依赖：
bash uv sync
调试方式
- 确保
mcp-server-sqlite正在运行。 - 配置 Claude Desktop 或 Oterm 以使用
mcp-server-lims和mcp-server-sqlite。 - 运行示例工作流程并检查生成的报告。