PubTator MCP Server
2025.04.01
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Python生物医学文献注释关系挖掘开发效率
PubTator MCP Server 是一个基于 PubTator3 的生物医学文献注释和关系挖掘服务器，通过 Model Context Protocol (MCP) 接口为 AI 助手提供便捷的访问方式。它允许 AI 模型以编程方式搜索科学文献、获取注释信息并分析实体关系。
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Overview
基本能力
产品定位
PubTator MCP Server 是一个生物医学文献注释和关系挖掘服务器，旨在为 AI 助手提供便捷的访问方式，支持通过 MCP 接口进行生物医学文献的搜索、注释和关系分析。
核心功能
- 文献注释导出：支持以多种格式导出 PubTator 注释结果
- 实体 ID 查找：通过自由文本查询生物概念的标准标识符
- 关系挖掘：发现实体之间的生物医学关系
- 文献搜索：支持通过关键词和实体 ID 进行文献检索
- 批量处理：支持批量导出搜索结果中的注释信息
适用场景
- 生物医学研究中的文献检索和注释
- 生物医学实体关系的分析和挖掘
- AI 助手在生物医学领域的应用开发
工具列表
- export_publications：导出指定 PMID 文献的 PubTator 注释结果
- find_entity_id：通过自由文本查询生物概念的标准标识符
- find_related_entities：查找与指定实体相关的其他实体
- search_pubtator：搜索 PubTator 数据库
- batch_export_from_search：搜索并批量导出文献注释
常见问题解答
- API 请求速率限制：每秒最多 3 个请求
- 批量导出时：使用合理的 batch_size 以避免请求超时
- 关系查询时：实体 ID 必须以 "@" 开头
使用教程
使用依赖
- Python 3.10+
- FastMCP library
安装教程
通过 Smithery 安装
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client claude --config "{}"
手动安装
-
克隆仓库：
git clone https://github.com/JackKuo666/PubTator-MCP-Server.git cd PubTator-MCP-Server -
安装依赖：
pip install -r requirements.txt
调试方式
直接运行服务器
python pubtator_server.py
使用 Docker
-
构建 Docker 镜像：
bash docker build -t pubtator-mcp-server . -
运行 Docker 容器：
bash docker run -p 8080:8080 pubtator-mcp-server
故障排除
- 检查控制台输出中的错误消息
- 确保所有必需的依赖项已安装
- 验证环境变量是否正确设置
- 增加日志详细程度：
bash python -v pubtator_server.py
Docker 日志检查
docker logs <container_id>