PubChem MCP Server

基本能力

产品定位

PubChem MCP Server 是一个专门用于查询化学化合物数据的 MCP 服务器，主要服务于需要访问 PubChem 数据库的 AI 模型和应用。

核心功能

• 通过名称或 PubChem CID 查询化合物
• 检索全面的化合物数据，包括：
• IUPAC 名称
• 分子式
• 分子量
• SMILES 表示法
• InChI 和 InChIKey
• 支持多种输出格式：
• JSON（默认）
• CSV
• XYZ（3D 结构）
• 内置缓存系统以提高性能
• 自动重试机制提高 API 可靠性
• 如果 PubChem 3D 不可用，提供备用 3D 结构生成

适用场景

• AI 模型需要查询化学化合物信息
• 需要从 PubChem 数据库获取化合物属性的应用
• 需要处理 3D 分子结构的化学研究

工具列表

1. get_pubchem_data
2. 检索化学化合物结构和属性数据

3. 参数：

   • query（必需）：化合物名称或 PubChem CID
   • format（可选）：输出格式 - "JSON"（默认）、"CSV" 或 "XYZ"
   • include_3d（可选）：是否包含 3D 结构（仅当格式为 "XYZ" 时有效）

4. download_structure

5. 下载化合物的结构文件
6. 参数：
   • cid（必需）：PubChem CID
   • format（可选）：文件格式 - "sdf"（默认）、"mol" 或 "smi"
   • filename（可选）：下载结构的自定义文件名

常见问题解答

• 缓存机制：API 响应缓存在内存中，3D 结构数据缓存在 ~/.pubchem-mcp/cache/
• 3D 结构处理：可选安装 RDKit 以增强 3D 结构处理能力

使用教程

使用依赖

• Python 3.8+
• Requests 库
• RDKit（可选，用于增强 3D 结构处理）

安装教程

# 克隆仓库
git clone https://github.com/yourusername/pubchem-mcp-server.git
cd pubchem-mcp-server/python_version

# 安装包
pip install -e .

# 如需增强 3D 结构处理，安装 RDKit
pip install -e ".[rdkit]"

MCP 配置

在 MCP 配置文件中添加以下内容：

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "command": "python3",
      "args": ["/path/to/pubchem-mcp-server/python_version/mcp_server.py"],
      "env": {
        "PYTHONUNBUFFERED": "1"
      },
      "disabled": false,
      "autoApprove": [
        "get_pubchem_data",
        "download_structure"
      ]
    }
  }
}

调试方式

• 确保 Python 环境正确配置
• 检查依赖库是否安装完整
• 验证 MCP 配置文件路径是否正确
• 测试基本查询功能是否正常工作

许可证

该项目遵循 MIT 开源许可条款。