SCMCP
2025.04.17
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Python单细胞RNA测序分析自然语言处理开发效率
SCMCP是一个用于单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析的MCP服务器，支持自然语言处理。它提供了从数据读取、预处理到分析和可视化的完整功能，适用于需要快速进行scRNA-Seq分析的研究人员和开发者。
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Overview
基本能力
产品定位
SCMCP是一个专为单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析设计的MCP服务器，通过自然语言处理简化分析流程。
核心功能
- IO模块：支持用自然语言读取和写入scRNA-Seq数据。
- 预处理模块：包括过滤、质量控制、标准化、缩放、高变基因筛选、PCA分析、邻居分析等。
- 工具模块：支持聚类分析、差异表达分析等功能。
- 绘图模块：提供小提琴图、热图、点图等可视化工具。
- 细胞间通讯分析：支持细胞间通讯的深入分析。
适用场景
- 研究人员和开发者需要进行scRNA-Seq分析的场景。
- 需要集成scanpy功能的AI客户端、插件或代理框架。
使用教程
使用依赖
确保已安装Python环境。
安装教程
- 通过PyPI安装SCMCP：
pip install scmcp
- 运行测试：
scmcp run
调试方式
- 本地运行：在MCP客户端配置如下：
"mcpServers": {
"scmcp": {
"command": "scmcp",
"args": ["run"]
}
}
- 远程运行：在服务器上运行：
scmcp run --transport sse --port 8000
然后在MCP客户端配置：
http://localhost:8000/sse