biothings-mcp
2025.05.04
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Python生物医学数据服务AI 集成其它
biothings-mcp 是一个基于 Model Context Protocol (MCP) 的服务器，专为 BioThings 设计，提供标准化的接口来访问和操作生物医学数据。它通过结构化接口连接权威的生物医学数据源，使 AI 助手和代理能够访问专业化的生物医学知识。该服务器支持多种生物医学数据源，包括基因注释、变异注释和化学化合物注释等。
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Overview
基本能力
产品定位
biothings-mcp 是一个用于生物医学数据访问和操作的标准化接口服务器，旨在为 AI 系统和生物医学研究提供无缝的数据集成和查询能力。
核心功能
- 结构化访问：直接连接到权威的生物医学数据源。
- 自然语言查询：简化与专业数据库的交互。
- 类型安全：通过 biothings-typed-client 实现强类型和验证。
- AI 集成：与 AI 助手和代理无缝集成。
适用场景
- 生物医学研究中的数据查询和分析。
- AI 系统与生物医学数据的集成。
- 生物医学数据的标准化访问和操作。
工具列表
- Gene Interface (
GeneRoutesMixin): 提供基因注释和查询服务。 - Variant Interface (
VariantsRoutesMixin): 提供变异注释和查询服务。 - Chemical Interface (
ChemRoutesMixin): 提供化学化合物注释和查询服务。 - Taxon Interface (
TaxonRoutesMixin): 提供分类学注释和查询服务。
常见问题解答
- 问题: LLM 无法正确输入有效的基因和基因变异符号。 解决方案: 计划通过扩展注释和提供额外的实体解析方法来缓解此问题。
使用教程
使用依赖
# Download and install uv
curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh
# Verify installation
uv --version
安装教程
# Clone the repository
git clone [email protected]:longevity-genie/biothings-mcp.git
cd biothings-mcp
uv sync
调试方式
# Start the MCP server locally
uv run server
# Run tests for the API endpoint
uv run pytest -vvv -s
# Test your MCP setup with the MCP Inspector
npx @modelcontextprotocol/inspector --config mcp-config.json --server biothings-mcp