Mutation Clinical Trial Matching MCP
2025.05.03
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Python基因突变搜索临床实验匹配医学研究临床决策支持开发效率其它
Mutation Clinical Trial Matching MCP 是一个基于 Model Context Protocol (MCP) 的服务器，旨在为 Claude Desktop 提供基于基因突变搜索临床实验匹配的功能。该服务器通过与 clinicaltrials.gov API 集成，允许用户通过自然语言查询获取相关临床试验的摘要信息。
### 核心功能
1. **基因突变搜索**：根据用户提供的基因突变查询 clinicaltrials.gov API，获取相关临床试验数据。
2. **数据摘要**：对获取的临床试验数据进行处理和格式化，生成易于理解的摘要信息。
3. **与 Claude Desktop 集成**：通过 MCP 协议与 Claude Desktop 无缝集成，提供工具和资源支持。
4. **模块化工作流**：采用 PocketFlow Node 模式，实现模块化、可维护的工作流设计。
### 适用场景
1. **医学研究**：帮助研究人员快速查找与特定基因突变相关的临床试验。
2. **临床决策支持**：为医生和患者提供关于可用临床试验的信息。
3. **生物信息学**：支持生物信息学分析中的基因突变相关研究。
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Overview
基本能力
核心功能
- 基因突变搜索：根据用户提供的基因突变查询 clinicaltrials.gov API，获取相关临床试验数据。
- 数据摘要：对获取的临床试验数据进行处理和格式化，生成易于理解的摘要信息。
- 与 Claude Desktop 集成：通过 MCP 协议与 Claude Desktop 无缝集成，提供工具和资源支持。
- 模块化工作流：采用 PocketFlow Node 模式，实现模块化、可维护的工作流设计。
工具列表
- MCP Server (
clinicaltrials_mcp_server.py)： - 实现 Model Context Protocol 接口，注册和暴露工具供 Claude 使用。
- 提供常见突变信息的资源。
-
处理与 Claude Desktop 的通信。
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Query Module (
clinicaltrials/query.py)： - 负责查询 clinicaltrials.gov API。
-
包含健壮的错误处理、输入验证和详细日志记录。
-
Summarizer (
llm/summarize.py)： - 处理和格式化临床试验数据。
- 按阶段组织试验，提取关键信息（如 NCT ID、摘要、条件等）。
- 生成可读的 Markdown 摘要。
常见问题解答
- Claude Desktop 断开连接：
- 检查日志：
~/Library/Logs/Claude/mcp-server-clinicaltrials-mcp.log。 - 重启 Claude Desktop。
- 验证服务器是否正常运行。
使用教程
使用依赖
- 安装 uv（如果尚未安装）：
bash curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh # macOS/Linux # 或 iwr -useb https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex # Windows PowerShell
安装教程
- 克隆仓库到本地机器。
- 创建虚拟环境并安装依赖：
bash uv venv .venv uv pip install -r requirements.txt - 激活虚拟环境：
bash source .venv/bin/activate # macOS/Linux .venv\Scripts\activate # Windows - 确定虚拟环境和项目目录的完整路径。
- 更新配置以使用这些路径。
调试方式
- 启动 Claude Desktop 并询问类似以下问题：
- "What clinical trials are available for EGFR L858R mutations?"
- "Are there any trials for BRAF V600E mutations?"
- "Tell me about trials for ALK rearrangements"
- 使用资源时询问：
- "Can you tell me more about the KRAS G12C mutation?"