UniProt MCP Server
2025.04.01
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Python蛋白质数据库生物信息学工具数据库开发效率
UniProt MCP Server 是一个基于模型上下文协议（MCP）的服务，允许语言模型从UniProt数据库中获取蛋白质信息。该服务可以与Claude Desktop及其他兼容MCP的AI应用集成，提供蛋白质搜索、详细信息获取、序列和功能查询等功能。
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Overview
基本能力
产品定位
UniProt MCP Server 是一个专门用于查询和获取蛋白质信息的服务，旨在为AI模型提供生物信息学数据支持。
核心功能
- 搜索UniProt：通过名称、基因或其他标准搜索蛋白质
- 获取蛋白质详情：检索蛋白质的详细信息
- 获取蛋白质序列：获取氨基酸序列
- 获取蛋白质功能：检索功能注释，包括GO术语
- 获取蛋白质结构：查找相关的PDB结构
适用场景
- 生物信息学研究
- AI辅助的蛋白质数据分析
- 学术研究和教育
- 药物开发和生物技术应用
工具列表
- Server Health Check：验证MCP服务器是否正确启动
- UniProt API Test：测试与UniProt API的连接性和功能
常见问题解答
- 如何配置Claude Desktop使用此MCP服务器？
- 按照安装教程中的步骤修改配置文件并重启Claude Desktop。
- 如何测试服务器功能？
- 使用提供的测试工具
server_health_check.py和test_server.py进行验证。
使用教程
使用依赖
- 克隆仓库：
bash git clone https://github.com/yourusername/uniprot-mcp-server.git cd uniprot-mcp-server - 创建虚拟环境（推荐）：
bash python -m venv venv source venv/bin/activate # Windows: venv\Scripts\activate - 安装依赖：
bash pip install -r requirements.txt
安装教程
- 使服务器脚本可执行：
bash chmod +x server.py - 配置Claude Desktop：
- macOS/Linux:
bash code ~/Library/Application\ Support/Claude/claude_desktop_config.json - Windows:
powershell code $env:AppData\Claude\claude_desktop_config.json - 添加配置：
json { "mcpServers": { "uniprot": { "command": "python", "args": [ "/ABSOLUTE/PATH/TO/uniprot-mcp-server/server.py" ] } } } - 重启Claude Desktop
调试方式
- 直接运行服务器进行测试：
bash python server.py - 使用测试工具：
- 服务器健康检查：
bash python server_health_check.py - UniProt API测试：
bash python test_server.py